در دورهٔ وزارت هاشمی، انتقادات بسیاری از سوی جوانان صورت گرفت و بسیاری از جوانان پرتلاش کشور معتقدند هاشمی در حق جوانی آنها ظلم بسیاری کردهاست و مسیر گزینش رشتههای برتر دانشگاهی از شایسته سالاری به پولدار سالاری منحرف شد. در دورهٔ وزارت وی ظرفیت رشته پزشکی بهطور ناگهانی از حدود ۴۷۰۰ نفر در سال به حدود ۲۷۰۰ نفر در سال رسید و مابقی ظرفیت به بخش شهریه بگیر (با شهریه چندین میلیونی) اختصاص یافت و بسیاری از جوانان با رتبههای خوب در رشته مورد علاقهشان پذیرفته نشدند، در حالی که سالهای قبل با همان رتبه میتوانستند پذیرفته شوند. ظرفیت دندانپزشکی از ۱۵۰۰ نفر به ۸۰۰ نفر و ظرفیت داروسازی از ۱۳۰۰ نفر به ۶۰۰ نفر کاهش یافت و بسیاری از جوانان قربانی این چنین تصمیمات ناگهانی شدند.
در دوره وزارت هاشمی سهمیه اختصاص یافته به خانواده جانبازان و ایثارگران و شهدا در کنکور سراسری ورودی دانشگاهها و در کنکور تخصص پزشکی و دندانپزشکی، از ۲۵ درصد، به ۳۰ درصد، افزایش یافت که تأثیر چشمگیری بر نتایج داشت و بسیاری از افراد با رتبههای بالا، نتوانستند به هدفشان دست یابند. به عقیده افراد معترض، هاشمی از این وضعیت ناراضی نیست زیرا وی یک جانباز است و فرزندانش از این چنین سهمیههایی استفاده میکنند. در دورهٔ وزارت وی گزینش عملاً از سیستم شایسته سالاری منحرف شد.